
Utöver skyddsföreskrifterna för vattenskyddsområdena gäller också generella nationella lagar och föreskrifter. Till exempel kan miljöbalkens allmänna hänsynsregler innebära att verksamheter och åtgärder som inte tas upp i skyddsföreskrifterna också måste ta hänsyn till vattenskyddsområdet.
Det finns också nationella föreskrifter som reglerar vad som är tillåtet och inte inom alla vattenskyddsområden i hela Sverige. Till exempel finns det nationella regler om skyddsåtgärder och förbud när det gäller bekämpningsmedel och cisterner inom ett skyddsområde.